Het verhaal speelt zich af in de 21e eeuw. The Major is een belangrijk lid van Public Security Section 9, een fictieve veiligheidsdienst. Ze ziet eruit als een gewoon mens, maar ze is een cyborg, ze heeft nog een deel van haar menselijk brein, maar een artificieel lichaam. Dankzij de jacht op een gevaarlijk hacker komen enkele vragen over haar eigen identiteit en menselijkheid steeds meer naar boven. Is zij meer dan een ‘ghost’, een ziel, gevangen in een ‘shell’, een omhulsel?