De 11-jarige Leo uit New York is een phantom boy: hij kan onzichtbaar worden en door muren vliegen. Hij raakt bevriend met Alex, een politieagent die in een rolstoel zit. Alex werd gewond door een mysterieuze bandiet die de stad bedreigt met een gevaarlijk computervirus. Samen vormen ze een buitengewoon superduo, met Leo in de lucht en Alex op de grond. Ze ontfermen zich over Marie, een moedige journaliste die op zoek gaat naar de schurk, en op wie Alex een oogje heeft. Wanneer Marie in de handen van de gangster valt, moet het duo al hun krachten bovenhalen om haar terug te vinden, en New York van de ondergang te redden.