Tim vermoedt dat het nieuwste familielid eigenlijk een volwassen man in een babylichaampje is en vertrouwt Theodore niet. Als Tim probeert bewijs te verzamelen dat zijn broertje als een volwassene zou kunnen praten en snode plannetjes zou smeden, valt de façade van Theodore weg. Hij en zijn babyvriendjes doen er alles aan om Tim tegen te houden. Uiteindelijk bekent Theodore een “Boss Baby” te zijn met een geheime missie en na de nodige spanningen besluit Tim zijn broertje te helpen. Als Tim zijn ouders vertelt over zijn broertje, geloven die hem natuurlijk niet.
Door af en toe scènes tussen Tims zevenjarige perspectief en die van zijn ouders te wisselen, gaat The Boss Baby speels en origineel om met de grens tussen werkelijkheid en fantasie. Zoals het publiek inmiddels gewend is van DreamWorks Animation, is de film zowel geschikt voor kinderen als voor volwassen. Door de combinatie van cartoonachtige taferelen en goed doordachte grappen zullen kijkers aan hun trekken komen. Dat de baby wordt vertolkt door Alec Baldwin maakt elke scène nog net iets grappiger. De film biedt ook serieuze maatschappijkritiek, wederom vooral voor het volwassen publiek. Niet alleen op de manier hoe kinderen soms als prinsjes en prinsessen behandeld worden, maar ook op de mores in de zakenwereld worden op de hak genomen.
De manier hoe de film Tims fantasiewereld neerzet is eerlijker dan in andere films. Voor kinderen is de wereld niet alleen maar leuk en gezellig, maar vooral ook onbegrijpelijk en eng. Dat durft The Boss Baby gelukkig ook te laten zien, terwijl de film vanzelfsprekend ook aangenaam blijft voor het jonge publiek.