Nu de familie Bennet weg(gevaagd) is uit Harlan County ruikt Boyd Crowder zijn kans om alle criminele touwtjes in handen te krijgen. Raylan zijn relatie met zijn ex-vrouw wordt alleen maar gecompliceerder nu zij zwanger is en zijn werk zit hem wat dat betreft behoorlijk in de weg. Terwijl hij probeert het rustiger aan te doen krijgt hij al snel te maken met een Wynn Duffy, een oude bekende, welke nu een nieuwe baas heeft. Robert Quarles, de nieuwe baas, ziet echter brood in zaken doen in Harley County en weet al snel zowel Boyd als Raylan tegen zich in het harnas te jagen. Ondertussen weet de laatst overgebleven Bennet door een technisch foutje uit de gevangenis te komen, waardoor hij voor alle partijen een doelwit wordt i.v.m. verloren gewaand Bennet geld. Hierdoor komt ook een andere bekende uit Raylans verleden in beeld ene Limehouse, die fungeert als bank voor criminele partijen en leider is van de donkere gemeenschap en duidelijk iemand die je niet tegen je moet hebben.
Seizoen 3 begint rustig met Raylan die nog herstellende is van de finale van het 2de seizoen. Het begin van het seizoen concentreert zich meer op het persoonlijke leven van Raylan, maar ook zijn relatie met zijn collega’s komt meer aan bod. De confrontaties met Boyd zijn weer zeer vermakelijk, maar Boyd is in dit seizoen nog steeds niet Raylan zijn grootste vijand. Deze rol is dit seizoen weggelegd voor Robert Quarles (Neal McDonough), die met zijn vel blauwe ogen een erg onstabiele indruk maakt, maar hem daarom misschien wel des de gevaarlijker wanneer hij zeer agressief zijn intrede maakt in Harlan County en het leven van Raylan. Neal McDonough speelt dit met overtuiging en maakt van Robert Quarles een onberekenbare badguy. Het verhaal draait dit seizoen meer om de gebeurtenissen om Raylan heen dan dat hij daadwerkelijk in de schijnwerpers staat. Dit geeft de andere karakters meer de ruimte om uit de verf te komen. Zo begint Ava Crowder een steeds hardere tante te worden en ook de situatie rond Raylan zijn vader neemt een wending in de loop van het seizoen. Het einde is mooie en bloederige afsluiter met een zeer naar bijsmaakje, welke genoeg mogelijkheden geeft voor een 4de seizoen.