Na het gevecht met Count Dooku en zijn robot leger is de republiek in een staat van oorlog terecht gekomen. Wanneer ook de Supreme Chancellor Palpatine ontvoerd wordt grijpen de Jedi’s in. Count Dooku wordt verslagen en Obi-Wan gaat vervolgens achter generaal Grievous aan om de laatste dreiging te verslaan. Binnen de Republiek blijkt echter een groter dreiging te ontstaan en is Anakin het doelwit van kwade krachten.