Nadat de strijd aan het eind van seizoen 1 ternauwernood gewonnen werd door Dr. Ephraim Goodweather (Corey Stoll) en zijn team blijkt de oorlog allerminst voorbij. De Master leeft nog voort en zijn plannen om de mensheid over te nemen en te veranderen in vampierachtige wezens zijn onverandert. Nu de strijd langzamerhand steeds openlijker uitgevochten gaat worden vergroot dat de risico’s voor alle partijen.